Sankt Hans er fra gammel tid blevet forbundet med mange forestillinger om magi og troldtøj. Man mente, at naturens kræfter ved midsommer var på sit højeste og altså farligst.
Hekse
Heksene skulle ved midsommer være særligt aktive og rejse gennem luften til hekseforsamlinger fx på Bloksbjerg. Et af de gode råd til at undgå heksene var bålbrænding, som man mente kunne skræmme de farlige kræfter væk.
Skikken med at sætte en heks på Sankt Hans-bålet kender vi dog først fra slutningen af 1800-tallet. Den stammer muligvis fra tyske indvandrere, som bragte skikken med at brænde vinteren af i form af en figur på bålet.
Midsommervisen
I Danmark synger vi gerne Holger Drachmanns midsommervise Vi elsker vort land ved Sankt Hans-bålet. Drachmann skrev sangen til sit syngespil Der var engang, som blev opført første gang på Det kongelige Teater i 1887. I visen synger man blandt andet: Hver by har sin heks og hvert sogn sine trolde / dem vil vi fra livet med glædesblus holde. Kombinationen af Midsommervisen og heksen på bålet hører vi om første gang fra en Sankt Hans-fest på Jelling Seminarium omkring år 1900.
Der er altså ingen direkte forbindelse mellem hekseafbrændingerne i senmiddelalderen og post-reformationen. Den sidste henrettelse ved hekseafbrænding i Danmark fandt sted i 1693.
Gode kræfter på spil
Man forestillede sig ikke kun, at de onde kræfter var på spil ved Sankt Hans. Også naturens gode magiske kræfter tilskrev man særlig aktivitet i midsommernatten.
Derfor opsøgte mange helligkilderne, hvis vand skulle have helbredende kræfter. Der opstod markeder og folkefester ved de mest populære kilder. Det gælder blandt andet Kirsten Piils kilde, som nu ligger i Dyrehaven i København og Helene Kilde i Tisvilde.